Die Unternehmenssteuerreform II wird in zwei Etappen umgesetzt. Seit dem 1. Januar 2009 ist der erste Teil in Kraft. Der zweite Teil wird zwei Jahre später auf den 1. Januar 2011 realisiert. Von der Unternehmenssteuerreform II sind nicht nur der Bund, sondern auch die Kantone betroffen. Diese gestalten die Reform unterschiedlich aus.

Auf Bundesebene wurden auf den 1. Januar 2009 im Wesentlichen zwei Steueranpassungen umgesetzt. Erstens reduzierte sich bei der direkten Bundessteuer die Dividendenbesteuerung auf 60% beim Privat vermögen beziehungsweise auf 50% beim Geschäftsvermögen. Zweitens wird auf den 1. Januar 2010 die Freigrenze bei der Verrechnungssteuer auf Zinsen von Kundenguthaben von bisher CHF 50 auf neu CHF 200 angehoben. Die übrigen Bestimmungen auf Bundesebene werden erst auf den 1. Januar 2011 in Kraft treten. Dann werden insbesondere die Steueraufschubmöglichkeiten für Personengesellschaften geändert. Davon betroffen werden folgende Fälle sein: die Überführung von Geschäfts- ins Privatvermögen sowie die Verpachtung oder die Weiterführung des Unternehmens durch eine Erbengemeinschaft. Zudem wird die privilegierte Liquidationsgewinnbesteuerung bei der Geschäftsaufgabe eingeführt.

Kantone bestimmen eigenstädig
Die Kantone haben zwei Jahre Zeit, die betreffenden Vorschriften des Steuerharmonisierungsgesetzes einzuführen. Sie können selber bestimmen, wann diese in Kraft treten, und werden die Unternehmenssteuerreform II im Rahmen der nächsten Steuergesetzrevision entweder auf den 1. Januar 2010 oder 2011 umsetzen. Grundsätzlich werden die Kantone angehalten, die Vorgaben des Steuerharmonisierungsgesetzes zu übernehmen. Sie können aber selber bestimmen, ob und in welchem Umfang sie die einzelnen Bestandteile des Gesetzes umsetzen.
 
Dividendenbesteuerung variiert von Kanton zu Kanton
Bei der Dividendenbesteuerung wählen viele Kantone eine eigene Lösung und übernehmen nicht jene des Bundes von 60% beziehungsweise 50%. Mit Ausnahme der Kantone Genf, Waadt, Neuenburg, Jura, Tessin und Basel-Stadt haben heute alle Kantone eine prozentuale Herabsetzung der Dividendenbesteuerung eingeführt. Spitzenreiter sind die Kantone Glarus mit 20% und Schwyz mit 25%. Die meisten Kantone setzen die Besteuerung von Dividenden im Durchschnitt auf 50% herab.

Anrechnung von Gewinn- an Kapitalsteuer
Die Mehrheit der Kantone hat sich dafür ausgesprochen, die Anrechnung der Gewinn- an die Kapitalsteuer einzuführen. Aktiengesellschaften und Gesellschaften mit beschränkter Haftung können demnach die Kapitalsteuer um den Betrag der Gewinnsteuer reduzieren.
 
Liquidationsgewinne werden milder besteuert
Für die Besteuerung der Liquidationsgewinne bei endgültiger Aufgabe der selbständigen Erwerbstätigkeit ist in den Kantonen eine Sondersteuer vorgesehen. Die Höhe des Satzes werden die Kantone frei wählen. Können im Rahmen der Liquidation noch Einkäufe in die berufliche Vorsorge geltend gemacht werden, müssen die Kantone dafür den Vorsorgetarif anwenden. Für den restlichen Liquidationsgewinn ist ein bestimmter tiefer Prozentsatz des steuerbaren Betrags für die Satzbestimmung massgebend.